与秦良玉会晤之后，一切又归于常态，各部都在井然有序的运作之中。朱由检也开始着手处理厂卫和阉党相关事宜。
崇祯二年三月中旬，朝臣再次集体上书，言厂卫之祸，并要求追讨，定阉党逆案。一时间，攻讦阉党之声四起。
由于魏忠贤销声匿迹，阉党一派群龙无首，人心惶惶，很多在朝官员纷纷选择脱离阉党，转而投靠东林党，剩余的阉党则纷纷聚集在黄立极的羽翼之下，妄图寻求庇护。
在这样的情况下，三月末朝会开始了。朝会一开始，群臣便没有给朱由检插科打诨的机会，直接当庭向阉党和厂卫开炮。
庞大的东林文官集团，从中央到地方，陆续上书朱由检，罗列与阉党相关联者，自内阁首辅黄立极以下，包括客氏，以及肃宁伯魏良卿在内，共计二百余人。
倪元璐率先上书道：
“启奏陛下，臣请求
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